A la clinique, Sean et Christian reçoivent Agatha Ripp, une prostituée. Elle s’est mutilée et a ensuite prétendu que c’était des stigmates aux gens de l’Eglise. Elle croit que ses blessures sont entrain de s’infecter à l’intérieur et elle veut que Sean et Christian rétablissent la vérité à son sujet. Elle ne peut plus affronter le regard des paroissiens qui pensent qu’elle a été touchée par le Seigneur. Elle veut qu’ils leur disent qu’elle a juste voulu attirer l’attention sur elle. Ce qu’elle veut c’est se faire pardonner. Ils finissent par accepter.
Pendant l’opération d’Agatha Ripp, Liz avoue à Sean et à Christian qu’elle comprend la fragilité des personnes qui croient en Dieu. Elle explique que quand elle était petite, elle adorait être catholique mais que tout s’est arrêté le jour où elle a été pro-lesbienne. Elle avoue ensuite son intention de donner une éducation religieuse à son futur enfant et Christian comprend qu’elle est enceinte de l’échantillon de son sperme (voir épisode 6, saison 2 : “Du bout des lèvres” ). Liz est en effet enceinte de deux semaines. Elle fait part de son désir de baptiser son enfant ce dont Christian n’est pas d’accord. Elle invite Sean, qui rejette toutes formes de religion, à venir participer en tant que parrain. Sean explique que ce qu’il rejette c’est le fait de croire en une cause qui est plus grande et plus précieuse que nous-mêmes. Sa foi à lui repose sur deux valeurs : son métier et sa famille.
Certains paroissiens sont devant la clinique lorsque Christian arrive. Il leur demande ce qui se passe et ils lui répondent qu’ils viennent prier pour Agatha. Un couple veut qu’Agatha prie pour leur fils qui est possédé par Satan. La mère montre à Christian une sorte de queue sur ses fesses.
Sean va voir le Père de l’Eglise pour lui expliquer que le parvis de leur clinique est devenu un lieu de pèlerinage pour une puissance qui n’existe pas. Sean lui demande de dire la vérité sur Agatha à ses paroissiens. Mais le prêtre semble, lui aussi, persuadé qu’elle a des stigmates. Pour preuves, il lui montre des photos de la crucifixion d’Agatha et fait un parallèle avec celle du Christ. Les stigmates sont les mêmes ce que, pour le prêtre, Agatha ne pouvait pas savoir. Sean avoue que c’est étrange mais explique au prêtre que les blessures d’Agatha peuvent être dues à des troubles psychosomatiques. En effet, le corps peut parfois créer des manifestations physiques de souffrance pour exprimer ce que le cerveau est incapable d’exprimer. Cela peut être du à la culpabilité, à la honte et ça se manifeste dans des proportions souvent extrême. Pendant que Sean parle, on voit Julia en être la victime. Sean précise au prêtre qu’Agatha est une déséquilibrée et non une candidate à la béatification.
Julia montre à Sean l’éruption dont elle est victime et Sean diagnostique un zona qui est une dermatose virale. Il suggère à Julia de prendre sa température. On voit le parallèle entre Julia et Liz à laquelle Christian pose à peu près les mêmes questions. Liz montre à Christian les pertes qu’elle a eu et Sean demande à Julia ce qui la préoccupe. Julia suggère le quotidien et Sean pense plutôt à l’histoire de Matt et Ava (voir épisode 7, saison 2 : “Effets secondaires” ). Sean rassure Julia et Christian fait de même avec Liz. Liz s’inquiète et dit à Christian qu’elle doit aller voir son gynécologue. Christian lui propose alors de l’accompagner.
Sean parle de l’éruption de Julia à Christian. Sean explique à Christian que c’est surement à cause de ce que lui a fait Ava qu’elle considérait comme une amie. Christian est de plus en plus gêné face à Sean qui lui parle de trahison et du Diable qui vient souvent de quelqu’un de parfaitement normal et pas, comme le croit ce couple, d’un enfant qui a un appendice visible.
Sean et Christian s’apprête à opérer l’enfant qui a un appendice mais sans Liz qui ne se sent pas capable d’assurer l’opération jusqu’au bout. Pendant l’intervention, Liz vient les chercher pour une urgence en salle de soin. C’est Agatha qui est de nouveau victime de stigmates aux pieds. Sean cherche alors dans les affaires d’Agatha, l’outil avec lequel elle s’est mutilée mais elle avoue leur avoir menti en disant que c’est elle qui s’était infligé ses mutilations. Elle leur dit que c’est le Christ lui-même qui lui a fait ça.
La sœur de la paroisse que Sean et Christian ont appelée est au chevet d’Agatha pour prier. Elle avoue aux deux associés qu’elle ne croit pas aux stigmates d’Agatha car elle la croit atteint d’une folie destructrice. Elle raconte que ses automutilations ont commencé après qu’elle se soit fait violer par son beau-père. Sean ne comprend pas pourquoi elle ne l’a pas dit le jour où il est venu voir le prêtre mais elle lui explique qu’elle ne pouvait pas dire qu’elle ne croyait en rien sinon il aurait fait annuler son programme. Elle fait part de sa crainte que pour le prêtre Agatha ne soit qu’une sainte relique qu’il peut exhiber dans la mesure où elle sert sa cause. Sean et Christian lui demande de révéler qu’Agatha est une usurpatrice mais elle refuse. Toutefois, pour prouver qu’Agatha n’a pas de stigmates, elle leur suggère d’analyser le sang de ses nouveaux stigmates avec le sang d’Agatha car selon les enseignements historiques, le sang qui s’écoule d’un véritable stigmate est celui du Christ.
Chez son gynéco, Liz apprend qu’elle fait une hémorragie au niveau du placenta. Ce qui signifie qu’il y a des risques d’anomalies chromosomiques, notamment le syndrome de Down ou trisomie 21.
Liz vient prélever du sang des nouveaux stigmates d’Agatha. Liz discute avec Agatha qui pense qu’elle ferait une bonne mère. Agatha avoue alors qu’elle a un enfant mais que la DASS le lui a enlevé à la naissance. Liz veut croire en Agatha et lui demande de l’aide parce qu’elle est persuadé qu’il y a un problème avec son bébé. Elle lui raconte une histoire de la Bible sur une femme victime d’hémorragie et rejetée par la société jusqu’à l’arrivée du Seigneur qu’elle a réussi a touché et qui a arrêté ses hémorragies. Agatha dit à Liz qu’elle a la sensation d’être Jésus et Liz lui dit qu’elle a besoin d’un miracle. Liz demande l’aide d’Agatha qui lui met alors la main sur le ventre et lui annonce que c’est un petit garçon.
Sean et Christian examine le sang des nouveaux stigmates d’Agatha qu’a prélevé Liz, quand Christian découvre avec stupeur que ce n’est pas le sang d’Agatha.
Liz annonce à Agatha que son hémorragie s’est arrêtée après qu’elle lui a touché le ventre. Le prêtre vient récupérer Agatha et demande les preuves à Sean qui refusent de communiquer ses informations. Sean demande à Christian de refaire les analyses de sang d’Agatha et une infirmière vient prévenir Liz d’un coup de fil de son gynécologue.
Julia se rend dans une église pour se confesser.
Liz a finalement décidé de se faire avorter. Le coup de fil était donc une mauvaise nouvelle.
Julia commence à cicatriser quand Sean l’invite au restaurant pour évacuer sa rude journée. Il prend une bière et explique l’histoire d’Agatha à Julia. Julia lui dit qu’il faut parfois savoir s’incliner devant ce qui nous est inconnu. Pour Sean tous les symptômes ont une cause et le fait que ce ne soit pas le sang d’Agatha retrouvé dans les stigmates l’obsède. Julia lui demande s’il croit en leur amour autant qu’elle et finit par lui avouer que Matt n’est pas son fils. Sean n’y croit pas et Julia lui dit que c’est Christian le père de Matt mais qu’elle n’a couché avec lui qu’une seule fois. Sean ne peut pas croire que Christian, qu’il considère comme son frère, puisse lui avoir fait ça. Alors Julia lui apprend qu’elle ne l’a su qu’il y a quelques temps (voir épisode 13, saison 1 : “Volte-face” ). Sean, écœuré par l’attitude de Julia, vomi dans l’évier de la cuisine, puis, fou de rage, il agresse Julia et lui demande de partir. Désespéré, il finit en pleurs par terre.
A la clinique, Christian annonce à Liz qu’il veut s’impliquer dans la vie de l’enfant. Liz lui avoue alors qu’elle s’est fait avorter car il allait avoir une malformation de naissance. Mais Christian lui dit qu’il aurait aimé l’enfant même s’il avait eu une malformation. Il était prêt à l’aider. Liz lui explique qu’elle n’avait pas la même foi que lui. Christian ne comprend pas qu’elle ne se soit pas adresser à une banque du sperme plutôt qu’à lui mais Liz voulait tout simplement que un des deux parents soient beaux car ça rend la vie plus facile. Christian comprend alors qu’il n’a été qu’un critère de beauté pour Liz. Sean débarque alors en colère, prend Christian, le met à terre et lui frappe dessus sous les yeux impuissants de Liz. Christian ne se débat même pas. Sean lui dit ensuite qu’il l’aimait plus que tout et s’en va.
Sean se rend à l’église où Agatha vient à sa rencontre. Il lui dit qu’il vient apprendre à prier mais Agatha lui fait remarquer qu’il n’est pas croyant. Sean lui fait savoir que toutes les valeurs auxquelles il croyait n’étaient que des mensonges alors il veut mettre sa foi ailleurs. Il lui demande de l’aide mais Agatha lui avoue qu’il avait raison : elle n’est qu’une simulatrice. C’est en fait la sœur de la paroisse qui lui a infligé ses blessures et mélangé son sang au sien. La sœur vient chercher Agatha mais Sean lui dit avoir besoin de croire en quelque chose. Agatha lui répond que cela ne sert à rien, qu’il n’existe rien en quoi l’on puisse croire.