L'épisode commence là où s'est terminé le précédent : Scott et Stiles se sont réfugiés à l'intérieur du lycée suite à l'attaque de l'Alpha. Scott demande à Stiles d'aller chercher quelque chose pour bloquer la porte. Il voit une pince juste devant la porte et sort la prendre quand l'Alpha apparaît et se précipite sur lui. Il réussit à lui échapper et bloque la porte avec la pince. Scott et Stiles ne savent pas où est passé l'Alpha et savent que la pince ne tiendra pas longtemps si l'Alpha fonce dans la porte. Ils se retournent et font face à un long couloir quand ils entendent un hurlement et se réfugie dans une classe. Ils vont pour mettre le bureau devant la porte quand Stiles arrête Scott pour lui dire que Deaton, son patron, est l'Alpha. Scott n'y croit pas comme il ne croit pas à la mort de Derek. Stiles propose de filer dans sa voiture. Ils sont prêts à casser la vitre quand Scott voit le capot de la voiture de Stiles complètement défoncé. Alors qu'ils regardent par la fenêtre, quelque chose passe à travers une vitre : c'est la batterie de la voiture de Stiles que l'Alpha leur a lancé. Ils cherchent l'Alpha en regardant dehors puis ils se décident à bouger.
Dans le couloir, Stiles dit à Scott qu'il leur faut trouver un endroit où il n'y a pas de fenêtre. Ils pensent tous les deux au vestiaire. Dans le vestiaire, Scott demande à Stiles d'appeler son père mais Stiles a peur que l'Alpha fasse un carnage. Scott pense à prendre la voiture de Derek et ils se mettent d'accord pour récupérer les clés sur le corps de Derek et d'emmener Derek. Ils s'apprêtent à sortir quand Scott entend quelque chose. Ils reculent et chacun se cache dans un casier. Ils sont morts de peur mais ce n'est pas l'Alpha, c'est le concierge qui leur demande de partir. Ils les vire du vestiaire tandis que lui est attaqué et tué par l'Alpha. Scott tente de le sauver mais Stiles l'en empêche et ils se sauvent alors que le concierge tombe face contre terre puis est tiré en arrière par les chevilles.

Allison est devant chez elle et attend Scott quand elle reçoit un coup de fil de Jackson qui lui dit que lui et Lydia vont venir la chercher. Allison ne veut pas mais Lydia et Jackson sont dejà là. Jackson propose à Allison de passer chez Scott quand elle reçoit un texto de la part de Scott qui lui demande de le retrouver au lycée.
Au lycée, Scott et Stiles tentent de sortir par une porte que l'Alpha a bloqué avec une benne. Stiles panique et Scott l'arrête. Ils font demi-tour et Stiles se demande ce que l'Alpha veut. Scott révèle à Stiles que l'Alpha le veut lui car il est plus fort avec une meute et que Scott fait partie de sa meute. Tout à coup, Scott et Stiles regardent par la fenêtre et voit l'Alpha sur le toit d'en face. Celui-ci se précipite sur eux et casse une fenêtre. Il les poursuit tandis que Scott et Stiles s'enfuient et lui échappent.

Jackson, Lydia et Allison arrivent au lycée et Allison montre le message de Scott à Jackson. Lydia signale que les portes du lycée sont fermées la nuit mais Allison constate qu'il y en a une d'ouverte. La porte qui est ouverte est retenue par la pince que Stiles a utilisé. Allison et Jackson pensent que Scott et Stiles sont entrés au lycée par effraction. Jackson lui propose de l'accompagner mais Allison refuse. Jackson s'inquiète pour Allison mais la laisse partir tandis que Lydia les regarde. Allison entre dans le lycée et la porte se referme.
Allison est à la recherche de Scott et on voit l'Alpha derrière elle, au fond du couloir. Elle se dirige vers l'Alpha sans le savoir et appelle Scott.

Scott et Stiles tentent toujours d'échapper à l'Alpha et se cachent derrière des casiers. L'Alpha s'en va et Stiles veut absolument faire quelque chose pour l'arrêter. Stiles jette des clés dans une pièce du sous-sol pour attirer l'Alpha. Il s'y précipite et ils réussissent à l'enfermer à l'intérieur puis mettent un bureau devant la porte.
Lydia et Jackson attendent dans la voiture quand Jackson voit le capot défoncé de la voiture de Stiles. Il décide d'aller voir et Lydia, qui ne veut pas rester seule dans la voiture, va avec lui. Jackson constate trois énormes griffures sur le capot et décide d'aller dans le lycée.

Stiles demande à Scott de le rejoindre et Scott passe par-dessus le bureau. Stiles essaie de voir l'Alpha et le défie jusqu'à ce que l'Alpha perce le plafond et passe par les combles.
Lydia et Jackson entrent dans le lycée et Lydia va aux toilettes. Jackson distingue alors une ombre au loin qui s'en va sur les pieds et les mains puis Lydia revient.
Allison est près des piscines quand son téléphone sonne. Scott reconnaît la sonnerie du portable d'Allison. Allison répond et dit à Jackson qu'elle ne trouve pas Scott et Stiles. Elle dit qu'elle les rejoint quand Scott l'appelle avec le portable de Stiles. Il lui ordonne d'aller immédiatement dans le hall. Scott et Stiles rejoignent Allison dans le hall et Scott lui demande ce qu'elle fait là. Elle lui rappelle que c'est lui qui lui a demandé de le rejoindre au lycée mais Scott lui rétorque qu'il n'a absolument rien envoyé. Elle leur fait savoir qu'elle est venue dans la voiture de Jackson quand son téléphone sonne et que Lydia et Jackson font leur apparition. Lydia proposent de partir quand ils entendent du bruit au-dessus d'eux. Allison et Scott se prennent la main et Scott leur dit de courir. L'Alpha tombe du plafond et est juste derrière eux.

Les cinq adolescents se réfugient à la cafétéria du lycée et Scott demande de l'aide pour bloquer la porte tandis que Stiles tente de les arrêter. Personne ne lui accorde d'attention et il finit par leur faire remarquer qu'il y a six mètres de fenêtre. Allison est terrifiée et Scott est pressé de questions mais ne sait que répondre. Stiles leur apprend que quelqu'un a tué le concierge et Lydia rappelle qu'ils ont pourtant tué le puma censé être responsable de toutes les morts. Jackson est persuadé que ce n'est pas le puma et Allison demande ce que c'est. Scott répond qu'il ne sait pas ce que c'est mais qu'il sait qu'il va les tuer. Lydia veut savoir qui c'est et Scott accuse Derek qui est censé être mort. Jackson veut appeler les flics mais Stiles refuse. C'est Lydia qui les appelle mais elle se fait raccrocher au nez car quelqu'un les avait prévenu qu'il y aurait une effraction au lycée et que c'était un canular.
Scott est assailli de questions et s'énerve après Allison. Stiles le prend à part et Scott s'en veut mais Stiles lui demande comment ils vont s'en sortir. Scott dit à Stiles que Derek lui a dit que l'Alpha voulait se venger de la famille d'Allison et que c'est pour ça qu'Allison a reçu le message. Jackson s'impatiente et veut que Stiles appelle son père. Scott approuve mais Stiles refuse et donne un coup de poing à Jackson quand ce dernier tente de lui prendre son téléphone. Stiles finit par appeler son père mais tombe sur sa messagerie. Il demande à son père de la rappeler au plus vite quand quelque chose tente de forcer la porte.

Stiles propose la porte de la cuisine même s'ils sont obligés de monter. L'Alpha défonce la porte et les poursuit. Les cinq adolescents se cachent dans la classe de chimie et ne font aucun bruit pour ne pas être repérés. Stiles mentionne une porte qui mène jusqu'au toit où ils pourraient prendre l'escalier de secours qui mène jusqu'au parking. Cependant, la porte est verrouillée et la clé se trouve sur le trousseau du concierge mort. Scott propose à Stiles d'aller la chercher puisqu'il est le seul à détecter l'odeur du sang. Quand Scott dit aux autres qu'il va aller chercher la clé, Allison indique qu'il ne peut pas y aller tout seul sans être armé. Scott prend un doigt lumineux quand Lydia suggère de faire un cocktail Molotov auto-inflammable. N'ayant pas non plus la clé de la porte du placard où se trouvent les produits dont ils ont besoin, Jackson casse la vitre du placard.
Lydia fait un cocktail Molotov quand Allison fait savoir à Scott qu'elle ne veut pas qu'il s'en aille. Elle le supplie de ne pas partir mais Scott refuse. Allison l'embrasse et Scott s'en va.

Dans le couloir, Scott se dirige vers le corps du concierge avec son cocktail Molotov. L'odeur du sang le mène jusqu'au gymnase, sous les gradins, où il découvre le corps du concierge suspendu.
Pendant ce temps, Allison ne comprend pas que Scott les ait laissé et se fait consoler par Jackson sous les yeux de Lydia et de Stiles.
Dans le gymnase, Scott voit le trousseau de clés et pose son cocktail Molotov par terre. Il monte pour atteindre le trousseau quand la fermeture des gradins se met en marche. Il réussit à prendre le trousseau et à échapper au roulement des gradins.
Dans la classe de chimie, Lydia a soudain un doute sur ce que Jackson lui a donné comme ingrédient et craint que le cocktail n'explose pas.
Au gymnase, Scott se retrouve face à l'Alpha et lui lance le cocktail Molotov qui n'explose pas. Scott est attaqué par l'Alpha qui l'immobilise et au lieu de le tuer, il hurle.
Stiles, Allison, Jackson et Lydia entendent le hurlement quand Jackson ressent une douleur intense dans la nuque. Stiles voit les marques de griffures tandis que Scott, que l'Alpha a laissé sain et sauf, se transforme en loup-garou d'une façon très douloureuse. Jackson se relève et Stiles lui demande ce qu'il a sur la nuque mais Jackson l'empêche de regarder.

Scott ne semble pas dans son état normal. Il entend Jackson dire qu'il va bien tandis que Lydia précise qu'il ne veut pas lui dire ce que c'est alors que ça fait des semaines qu'il a ça. Scott se rapproche de ses amis toujours en loup-garou. Il met la clé dans la porte quand il entend la voix d'Allison. Il voit alors toutes les images de son histoire avec elle et se calme. Il fait un bruit avec la clé et Allison l'appelle. Allison tente d'ouvrir la porte quand Lydia leur dit d'écouter. Des sirènes se font entendre. Les quatre adolescents se précipitent à la fenêtre et voient les voitures de police. De son côté, Scott a fini par se calmer.

Scott affirme au shérif que le coupable est Derek et Stiles confirme. Scott veut savoir s'ils ont trouvé le concierge mais le shérif admet qu'il le cherche encore car ils ne l'ont pas trouvé sous les gradins. Scott est persuadé que le shérif a pitié mais qu'il ne le croit pas. Le shérif lui promet de fouiller toute l'école puis on l'appelle et il s'en va.
Une fois seuls, Stiles fait remarquer à Scott qu'ils ont survécu et il trouve ça génial. Mais Scott lui dit que l'Alpha savait où ils étaient. Stiles se demande pourquoi ils sont encore en vie et Scott lui répond que l'Alpha veut qu'il fasse partie de sa meute mais qu'avant il doit se débarrasser de son ancienne meute c'est-à-dire de Jackson, d'Allison, de Lydia et même de Stiles. Ce que veut l'Alpha c'est que Scott tue lui-même ses amis. Il avoue à Stiles que quand l'Alpha l'a fait se transformer, il a vraiment voulu tous les tuer un par un.

Scott voit ensuite le Dr Deaton sain et sauf. Ce dernier avoue que ça n'a pas été facile pour qu'il s'en sorte et remercie Scott car on lui a dit que c'est grâce à lui s'il est encore en vie.
Le shérif demande à Scott et à Stiles de laisser les médecins faire leur travail quand Scott voit Allison. Il se précipite pour lui parler et Allison lui annonce qu'elle pense ne plus pouvoir lui faire confiance. Scott tente de lui expliquer et promet de se racheter un portable mais Allison lui dit de ne plus l'appeler et s'en va.