Titre original : RahXephon
En 2015, la Terre est soudainement attaquée par une organisation mystérieuse appelée Mû. À cette époque, Ayato Kamina, le personnage principal de l' histoire, est juste un lycéen normal de 17 ans. Son père est mort quand il était enfant, et sa mère travaille pour le gouvernement, il pense que seul Tokyo a survecu à l'attaque des Mûliens. C'est alors qu'Ayato fait la connaissace d'une mystérieuse jeune fille appelée Reika Mishima. Elle lui fait découvrir l'existence d'un robot géant ailé, une créature quasi-divine éclose d' un oeuf, Rahxephon. Apparemment, Rahxephon semble en harmonie avec Ayato, il n'accepte que lui comme pilote. Cette rencontre va alors lui faire découvrir que le reste de la Terre a en réalité survecu et que Tokyo Jupiter (le nouveau nom de la ville de Tokyo) ne se situe plus en fait dans le même espace-temps que le reste de la planète. Ayato décide alors de rejoindre l'organisation Terra pour combattre les forces de Mû.

